Заметил, что после команды
compiz -- replaceзаголовки окон возвращаются, но все нормально до первой перезагрузки.
Потом нашел информацию, которая мне помогла, оказывается вот что нужно сделать:
gtk-window-decorator --replace compiz --replace sudo apt-get install emerald
Оказывается подобные проблемы бывают из-за профилей, которые были в предыдущей версии и при установке с "нуля" они не возникают.
У меня после проведенных команд обнулились настройки многих программ (но не всех, в основном браузеры и торрент клиент), это минус, зато все стало как должно быть. Compiz работает как прежде, заголовки окон не слетают.